Хронический апикальный периодонтит – воспалительное заболевание тканей, окружающих верхушку корня зуба, характеризующееся деструкцией костной ткани и часто протекающее бессимптомно. В течение длительного времени клинический диагноз ставился на основе рентгенологических и клинических исследований. Однако многочисленными исследованиями отечественных и зарубежных авторов доказано, что ключевым звеном в развитии и течении данного заболевания является микробный фактор. Микробиологический метод диагностики, позволяющий провести идентификацию бактериальных факторов патологического процесса в периапикальных тканях, открывает путь к целенаправленному и эффективному лечению. В данной статье проведен микробиологический анализ системы корневых каналов при хроническом апикальном периодонтите. Общие результаты показали, что микробиом системы корневых каналов представляет собой сложную и высокоорганизованную экосистему. Ключевой характеристикой данной экосистемы является высокое таксономическое разнообразие, где инфекционный процесс поддерживается не единичным патогеном, а сложными анаэробными полиассоциациями микроорганизмов. Этот факт имеет фундаментальное значение для понимания патогенеза заболевания и разработки проводимых терапевтических стратегий с целью повышения прогностической успешности эндодонтического лечения и снижения риска рецидивов патологий тканей периодонта.